Harrie’s Hoekje

Meta-analyse: een voorbeeld

Analyseren

Hoe voer je een meta-analyse uit met R, wat levert het op en maak je de tekst op in Tufte-stijl? Hier vind je een voorbeeld waarin dat alles gedaan wordt en de relatie wordt onderzocht tussen ingrijpende jeugdervaringen van ouders en de sensitiviteit naar hun kinderen toe. In de analyse worden enkele moderatoren worden meegenomen.

De gids voor ES

Analyseren

Onlangs schreven Jané et al. de Guide to Effect Sizes and Confidence Intervals. Deze gids geeft academici, studenten en onderzoekers praktische en stapsgewijze instructies voor het berekenen en interpreteren van effectgroottes en betrouwbaarheidsintervallen. Het werk is gedaan en kan worden gedaan in R. De gids laats zien hoe de resultaten zijn te interpreteren en de bevindingen zijn te kwantificeren. Voor mijzelf is het een bijzonder leerzame gids die mij dit niet alleen veel inhoudelijk heeft geleerd, maar ook heeft geleerd hoe ik dit in R kan toepassen en hoe complexe zaken wetenschappelijk kunnen worden gecommuniceerd. Om die reden heb ik de moeite genomen de tekst naar het Nederlands toe te bewerken. Hartelijke dank aan Jané en zijn collega’s voor het schrijven van deze gids, die ze de komende jaren met nieuwe inzichten zullen blijven aanvullen.

De basis van datavisualisatie

Analyseren

In deze blog worden belangrijke visulisatiepakketten gepresenteerd alsmede een interessant bronnenoverzicht over dat onderwerp”.

Meta-analyse

Analyseren

In deze blog wordt een notitieboekje gepresenteerd dat hoort bij het boek Doing Meta-Analysis in R. A Hands-On Guide van Mathias Harrer, Pim Cuijpers, Toshi Furukawa en David Ebert.

Mathias Harrer, Pim Cuijpers, Toshi Furukawa en David Ebert, bewerking Harrie Jonkman

Bayes samengevat

Bayesiaans

In deze blog wordt ingegaan op het verschil tussen frequentistische en Bayesiaanse statistiek en wordt samengevat hoe je een Bayesiaanse analyse uitvoert in R.

Andrew Heiss, bewerking Harrie Jonkman

Multilevel meta-analyse

analyseren

Op dit moment begeleid ik een groep studenten bij het opstellen en afronden van hun masterthesis. Daarvoor moeten ze een meta-analyse uitvoeren. Mij is gevraagd toe te werken bijvoorbeeld naar een multilevel meta-analyse met moderatoren. Een mooie inleiding daarop is het hoofdstuk “Multilevel” meta-analyse uit het boek Doing Meta-Analysis in R van Harrer, Cuijpers, Furukawa, and Ebert (2021), dat ik daarom hier bewerkt heb. De komende tijd zal ik het hele boek als een notitieboek opzetten (een verkorte en samenvattende versie). Dit hoofdstuk is een aanzet daarvoor.

ROS_notitieboek

analyseren

Sinds kort is er vanuit het NSC-R Werkgroep een leesclub gestart rondom het boek Regression and Other Stories van Gelman, Hill en Vehtari. Ter ondersteuning van deze leesclub is dit Notitieboek gemaakt. In dit Notitieboek vind je korte samenvattingen van de hoofdstukken van het ROS-boek en presentaties van deze hoofdstukken door verschillende personen. De inhoud van het Notitieboek zal in de loop van de tijd groeien.

Quarto boekje 2

communiceren

Quarto is gemaakt voor wetenschappelijke schrijven. Het programma kan ook heel goed worden gebruikt voor andere doeleinden. Hier een voorbeeld van een heel persoonlijk boekje dat ik onlangs gemaakt heb naar aanleiding van de geboorte van mijn kleindochter.

Copilot

analyseren

Sinds kort kun je in RStudio ook met een AI-tool werken die jou ondersteunt bij het schrijven van codes. Deze tool heet Copilot en sinds kort is er een plugin voor RStudio. In deze blog laat ik zien hoe je deze plugin kunt installeren en hoe je ermee kunt werken.

Werken met verwijzingen

communiceren

Dit is een blog over literatuurverwijzingen en hoe je hiermee kunt werken in R/RStudio. Daarvoor moet je het programma Zotero op jouw computer zetten. Hieronder laat ik zien hoe je vervolgens literatuur binnen kunt halen, hoe je een bibliotheek opbouwt, hoe je de verwijzingen in de tekst zet en hoe je voor een bepaalde literatuurklasse kunt kiezen.

Slimme steden

visualiseren

analyseren

Dit is een blog nav O’Briens boek Urban Informatics waarin hij laat zien hoe je als stad (of gemeenschap) om kunt gaan met de informatie over jouw omgeving. Hij leert ons de vaardigheden hiervoor.

Website bouwen

communiceren

Dit blog laat zien hoe je met Quarto een website kunt bouwen.

Sam Csik, bewerking Harrie Jonkma

Introductie op multilevel analyse in R met lme4 en tidyverse

modelleren

Deze blog laat zien hoe je met de R-pakketten lme4 en tidyverse op eigentijdse wijze multilevel analyses kunt uitvoeren.

Raffaele Vacca, bewerking Harrie Jonkman

Enkelvoudige, meervoudige en moderatie regressieanalyse

modelleren

In deze blog zet ik enkele verschillende vormen van regressie (enkelvoudige, meervoudige en modererende regressie) op rij en vergelijk ik de modellen. Met bepaalde pakketten worden de effecten inzichtelijk gemaakt.

Maken en publiceren van een blog

communiceren

In dit blog laat ik zien hoe je zelf met Quarto een blog kunt maken en hoe je dat kunt publiceren en verspreiden. Je kunt hier het blog vinden en de stappen die gezet zijn om het te maken en te publiceren.

Maken en publiceren van een boek

communiceren

In dit blog laat ik zien hoe je met Quarto een boek kunt maken en hoe je dat kunt publiceren en verspreiden. Je kunt hier het boek vinden en de stappen die gezet zijn om het te maken en te publiceren

Begin van mijn Quartoreis, een opzet voor een Quarto presentatie

communiceren

Met Quarto, het nieuwe programma om wetenschappelijk te schrijven, kun je ook mooie presentaties maken. Megahn Hall maakte een mooie versie. Hoe dat er uit ziet en hoe je dat doet, daarover vind je informatie in deze blog.

Meghan Hall, bewerking Harrie Jonkman

Werken met Tidymodels, een suite voor machine learning

modelleren

Tidymodels is het suite-pakket van Posit om met machinelearning te werken. Op de website staan vijf handleidingen die voor deze post wat bewerkt zijn en die de verschillende aspecten van het pakket laten zien. Het is een introductie, het vertelt iets over de belangrijkste onderdelen en er wordt een uitgebreide case-studie gepresenteerd.

Max Kuhn en Julia Silge, bewerkt door HarrieJonkman

Bayesiaanse hierarchische logistische regressie

modelleren

Bayesiaans

Hoe voer je een geclusterde logistische regressie uit vanuit een Bayesiaans perspectief? Aan de hand van data over succes en falen van Himalayaexpedities en leeftijd en zeestofgebruik van klimmers wordt duidelijk gemaakt hoe dit werkt. Deze blog is een bewerking van een deel van een hoofdstuk uit het prachtige Bayes Rules! boek.

Alicia A. Johnson e.a., bewerking HarrieJonkman

Werken met moderne schattingstechnieken

modelleren

Bayesiaans

Hoe je schattingen maakt van uitkomsten door kennis van experts in te zetten, hoe zet je dit proces uit, hoe bereken je het en hoe combineer je deze kennis weer met data.

Visualisaties

visualisatie

communicatie

Visualisaties met hotspot, choropleth en interactieve kaarten

Jacob Kap, bewerking HarrieJonkman

Statistisch denken in de 21ste eeuw

voorbereiden

modelleren

communiceren

Statistisch denken in de 21ste eeuw met R én Python

Russel Poldrack, bewerking HarrieJonkman

Verhalen vertellen met data

voorbereiden

modelleren

communiceren

Bespreking van een interessant leerboek moderne dataanalyse Telling stories with data van Rohan Alexander

Werken met Quarto

communicatie

Over het werken met Quarto, de opvolger of het equivalent van RMarkdown

Wijken plotten

visualization

Over het maken van kaarten

Daryn Ramsden, bewerking HarrieJonkman

Geografische analyse van risico’s met INLA

visualisatie

modellen

Bayesiaans

Paula Moraga laat zien hoe je geografische gegevens kunt analyseren met het programma INLA

Paula Moraga, bewerking HarrieJonkman

Bayes en Stan

Bayesiaans

Over het werken met Bayesiaanse analyse in Stan.

Jim Albert, werking HarrieJonkman

Bayes Rules!

Bayesiaans

Aantekeningen bij een prachtig Bayesiaans studieboek

ggplot stap voor stap

visualisatie

Een GGPLOT2 handleiding om mooi te kunnen plotten in R.

Cédric Scherer, bewerking Harrie Jonkman

Van distill naar quarto?

visualisatie

Een blog maken met quarto.

Danielle Navarro bewerking HarrieJonkman

Missende waarden

theorie

voorbereiden

modelleren

Over het pakket mice en missende waarden

Michy Allice, bewerking HarrieJonkman

Kaarten maken met R

visualisatie

Hieronder een korte introductie op hoe je kaarten maakt met R, met name met het pakket sf.

Euginio Petrovich, bewerking Harrie Jonkman

Naïeve Bayesiaanse classificatie

Bayesiaans

In deze blog wordt getoond hoe Naïeve Bayesiaanse classificatieanalyse werkt.

Harrie Jonkman en Mr.X

Wat kun je met Bayes?

Bayesiaans

In deze blog wordt getoond wat je met Bayes wetenschappelijk kunt: schatten, testen en voorspellen.

Johnson e.a. en Harrie Jonkman

Bayes’ principes

Bayesiaans

Een blog over de principes van de Bayesiaanse theorie

Johnson e.a. en Harrie Jonkman

Regressie en nog zo iets

analyse

Dit is een blog naar aanleiding van Gelman/Hill/Vehtari nieuwe boek Regresion and other stories

Multilevel modeling met STAN

analyse

Introductie op multilevel modelleren met gebruik van rstanarm: Een tutorial voor onderwijsonderzoekers

JoonHo Lee, Nicholas Sim, Feng Ji, and Sophia Rabe-Hesketh, vertaling HarrieJonkman

Multilevel modeling

analyse

Dit is een post over multilevel analyse van longitudinale data met betrekking tot alcoholgebruik van jongeren.

Alexander Cernat, bewerking Harrie Jonkman

Latente Groei Modeling

analyse

Dit is een blog over Latente Groei Modeling van longitudinale data van alcoholgebruik van jongeren

Alexander Cernat, bewerking Harrie Jonkman

Opschonen en ontrafelen

voorbereiden

Een post over opschonen en ontrafelen van data

Bewerking Harrie Jonkman

Rmarkdown en Officedown

communicatie

Een blog over documentatie en hoe ze dat in de farmaceutische industrie kunnen doen

Jakub Sobolewski, bewerking Harrie Jonkman

Kaart van Zwitserland

visualisatie

Dit is een mooie blog van Giulia Ruggeri over kaarten maken met ggplot2 en sf, in dit geval van Zwitserland

Giulia Ruggeri, bewerking Harrie Jonkman

Verzekeringskosten voorspellen

machine learning

Dit is de blog die Arta Seyedan op 14 februari 2021 voor R-bloggers schreef over het voorspellen van verzekeringskosten en die ik wat bewerkt en vertaald heb.

Arta Seyadan, bewerking Harrie Jonkman

Classificeren van Palmer penguins

machine learning

De laatste tijd heeft Julia Silge een aantal videoopnamen gemaakt die laten zien hoe het tidymodels raamwerk is te gebruiken.Het zijn opnamen over de eerste stappen in het modelleren tot hoe complexe modellen zijn te evalueren. Deze videoopname is goed voor mensen die net beginnen met tidymodels. Ze maakt daarbij gebruik van een #TidyTuesday dataset over pinguïns. Hier gaat het om classificeren.

Julia Silge, bewerking Harrie Jonkman

Classificeren met Tidymodels

machine learning

Dit is bewerking van een blog over classificeren met het pakket Tidymodels die Rahul Raoniar in Towards data science schreef.

Rahul Raoniar, bewerking Harrie Jonkman

Tidymodels opnieuw

machine learning

Blog van Rebecca Barter onder de titel ‘Tidymodels: tidy machine learning in R’

Rebecca Barter, bewerking Harrie Jonkman

GitHub voor samenwerking

communicatie

Lisa Lendway heeft een aantal interessante repositories op haar GitHub account staan, zie hier. Ze zijn vaak kort, maar helder en concreet. Haar stijl en de consistentie daarin bevallen mij zeer. Van haar manier van doen leer ik veel. Zij maakt haar stukken vaak voor haar statistieklessen en deelt zo haar kennis met haar studenten en anderen buiten haar klas. Ik heb mij voorgenomen om er een aantal goed te lezen, te vertalen en te bewerken waar nodig, en deze op mijn website over te nemen. Vorige maand deed ik dat al met een blof over Distill en nu een over GitHub.

Lisa Lendway, vertaling Harrie Jonkman

Website met distill

communicatie

Website met blog maken

Lisa Lendway, vertaling Harrie Jonkman